Accident de travail requalifié en maladie

Bonjour,étant en arrèt pour un accident de travail depuis environ 3 ans,j'ai été convoqué par le médecin conseil qui m'a dit qu'en septembre il cloturera mon dossier et que je serai donc en arrèt maladie avant d'envisager plus tard une invalidité puisque pour lui il me sera difficile de reprendre le travail.Il veut aussi que je vois le médecin du travail.Serai-je immédiatement en maladie en septembre ou y-a-t-il un délai?les indemnités journalières seront-elles les mèmes qu'en accident de travail?combien de temps serai-je en maladie avant une éventuelle invalidité?Merci de bien vouloir m'en dire un peu plus.