Perte d'arrêt de travail par la sécurité sociale

Bonjour,

Lorsque j'ai été malade, mon médecin m'a prescrit 5 jours d'arrêt. J'ai envoyé cet arrêt le jour même à la sécurité sociale et à mon employeur.

Deux semaines après, j'ai reçu un premier courrier de la sécurité sociale pour me dire qu'ils n'avaient pas reçu mon arrêt de travail et refuser d'indemniser mon employeur. Je suis donc immédiatement allé chez mon médecin pour demander un duplicata que j'ai envoyé immédiatement.

Encore quatre semaines plus tard, j'ai reçu un second courrier de la sécurité sociale:
Cette fois ils ont bien reçu mon arrêt mais ils disent qu'ils l'ont reçu après le délai de 48h, qu'ils n'ont pas exercer leur contrôle et refusent donc toujours d'indemniser mon employeur...

Je veux saisir la commission de recours amiable pour régler ce différent.
Comment puis-je prouver ma bonne foi et que l'assurance maladie a bel et bien perdu l'arrêt que j'ai envoyé ?

En vous remerciant d'avance pour votre aide.