Immeuble (local commercial + appt meublé)

Bonjour,
Je vais devenir propriétaire d'un immeuble de 3 niveaux.
Actuellement l'immeuble est vendu avec un local commercial loué au rez de chaussée. Les 2 étages sont inexploitables en location car il n'y a pas d'autre accès aux étages que par le commerce.

Mon projet :
J'ai la possibilité de créer une seconde entrée à cet immeuble, indépendante du commerce, pour l'accès aux étages.
J'ai pour idée de créer un appartement au dernier étage et garder le 1er étage comme réserve pour le commerce.

Mes questions :
1°/ Quelle déclaration faudra t-il faire pour informer les autorités fiscales de la création d'un logement d'habitation désormais dans cet immeuble en plus du commerce existant.

2°/ Quelle(s) déclaration(s) fiscales des revenus fonciers sachant que :
- Le local commercial reste en location (9600 € /an)
- J'en ai pour 30.000 € de travaux pour création de l'entrée secondaire + rénovation appartement.
- Je pense louer l'appartement en meublé et probablement de bénéficié du statut de LMNP (3000 € / an)
- L'emprunt pour l'immeuble intègre le prix de l'immeuble et le montant des travaux.
- Par ailleurs je suis déjà propriétaire d'un appartement que je loue et pour lequel je déclare au réel-2044 (après étude des charges il s'avere que c'est plus interessant que le micro)

Ce qui me chagrine en fait c'est les deductions de charges, par exemple de l'emprunt, puisque le local commercial et l'appartment ne seront pas fait sur la meme declaration (2044 vs LMNP (BIC?) ) et que c'est le même emprunt. Faudra t'il faire des prorata ?

En vous remerciant d'etudier ce cas ! Je rebondirais probablement suivant les reponses.