Codification des comptes client

Bonjour,
l'entreprise où j'interviens en tant qu'auto-entrepreneur a été rachetée au mois de mars.
Auparavant , le logiciel nous permettait d'enregistrer automatiquement les factures de ventes ou d'achats en comptabilité.
Le nouveau repreneur a souhaité sous-traiter à un expert comptable, la partie enregistrement des factures et la comptabilité.
Or, il s'avère que la référence client ou fournisseur utilisée par le cabinet comptable a été modifiée et donc différente de celle utilisée en gestion commerciale et connue de nos clients et fournisseurs.
Cela complique donc l'édition des relances ainsi que la consultation des journaux.
Est-ce que c'est légal?
Merci de votre réponse