Mon propriétaire me réclame des loyers que j'ai déjà réglé

Bonjour, je résume rapidement mon problème afin de mieux comprendre.

Nous sommes locataires mon compagnon et moi depuis octobre 2012, nous avons effectué des travaux a nos frais ( peintures, aménagements cuisine, déblaiement du jardin...).
Nous avons toujours régler nos loyers sauf pour le mois d'avril 2015 ou nous avons fait appel au FSL en avertissant notre propriétaire, qui nous à dit que sa pouvait arriver et qu'elle comprenait.
Hors aujourd'hui nous recevons un commandement de payer de 9 loyers soit plus de 4000€.
De plus depuis l'entrée dans notre logement nous demandons oralement à la propriétaire un compteur divisionnaire pour l'eau, des travaux d'isolation, des traitements de moisissures dans la salle de bain, mais rien est fait.
Nous payons en liquide (je précise), chaque mois d'octobre de chaque année, 250€ d'eau consommer en plus sans factures ni preuves, juste écrit sur un papier qu'elle reprend chaque fois, et nous avons sur notre compteur électrique la charge des parties communes.

Le loyers réclamés ont étaient récupérer par son compagnon, car madame ne veut plus se déplacer, il ne nous a pas remis de quittance nous promettant de les faire au plus vite, sur certaines d'entre elles il y a sa signature à lui.

Nous avons fait confiance depuis le début, en réglant nos loyers la plupart du temps en liquide à son compagnon qui signer sur les quittances, alors que madame patientait dans sa voiture, nous avons aussi fait confiance sur l'absence des quittances (12 au total), il promettait de nous les amener.

Je pense qu'elle veut nous pousser à partir, notre bail va jusqu'en 2019, nous n'avons ni garant ni contrat de travail ni état des lieux, nous sommes perdu et nous ne savons vers qui nous tourner.

Merci aux personnes qui prendrons le temps de lire et de répondre.