Arrêt maladie et période d'homologuation

Bonsoir, je viens poser une question sur ce forum car n'ayant trouver que des reponses asser vague sur le net, j'espere avoir la chance qu'in d'entre vous eclaire ma lanterne :)
Voici ma situation :
Je suis salarié en CDI depuis 16 mois dans un restaurant en qualitée de chef de cuisine, , j'ai entamé avec mon employeur une procedure de rupture du contrat pour cause de reclassement professionnel, cette derniere etant acceptée, les 2 entretiens passé, je suis en periode de retractation jusqu'au 21 janvier 2016 , en contre partie de cet accord, mon patron m'a demander de signer une transaction stipulant que je renonce a tout litige nait ou a naitre de cette rupture et ce pour se "proteger" , soit.
Entre autre fait, depuis cette signature notre relation a quelque peu changer : paiement de salaire en retard de 5 jours ce mois ci , ayant provoquer un decouvert bancaire et agios, en 10 ans je n'ai jamais pris d'arret de travail "volontaire" , mais une visite chez mon médecins pour un bon mal de dos a montrer un probleme au niveau de ma colonne vertebrale et un conseil d'arret maladie pour cause non professionelle, ce dernier pense qu'un arret ne joue pas sur l'homologation de la procedure mais il reste toubib :) je n'ai trouver sur le net qu'une circulaire de la DIRRECTE ne repondant pas vraiment a la question et des forums avec une succession de réponses positives et négatives...
Donc si qu'elqun sait n'hesiter pas .
D'avance merci de me lire et peut etre de me repondre.