Grossesse et indemnités journalières non perçues

Bonjour,
J'ai une petite (grosse) question à vous poser : jai ete opérée d'une tumeur de la moelle épinière en mars 2012. J'ai repris une activité salariée quelques mois apres en mi temps thérapeutique. Jai ete convoquée en août 2015 (3 ans après le début de mon mi temps thérapeutique) par un médecin conseil, date à laquelle j'étais déjà enceinte depuis 2 mois. Conclusion de l'entretien : mon état de santé ne justifiait pas la poursuite du mi-temps thérapeutique (conclusion logique, puisque ce type d'arrêt n'est octroyé que pour 3 ans maximum, chose que je ne savais pas).
Le médecin conseil décide donc de me faire reprendre un temps plein à compter du 1 octobre 2015.
Mon médecin traitant ainsi que ma gynécologues décident de ne pas me laisser reprendre un temps plein, à cause de mon travail (infirmière vétérinaire, je travaille par journées de 12h 3 fois par semaine associées à 2h30 par jour de transport) et de ma sciatique et de mes lombalgies de grossesse.
Je nai donc jamais repris un temps plein entre la fin du mi-temps et mon arrêt de travail.
Mes patronnes ont reçu les indemnités du mois d'octobre, mais rien à partir de l'arrêt de prolongation de novembre.
J'ai contacté la CPAM, qui apres des recherches (très) longues (quasiment une semaine) m'annonce que je n'ai pas droit à mes indemnités car le médecin conseil a jugé que je devais reprendre un temps plein. Mais c'est une décision qui ne prenait pas en compte ma grossesse.
Ils ont même contrôlé mon médecin traitant, concernant mon arrêt du 1er octobre, et elle l'a justifié par ma grossesse et mes gros problèmes de dos, suite à quoi le médecin qui l'a contrôlé lui a répondu : ah elle est enceinte donc en effet nous ne la contrôlerons pas.
Je ne sais pas quoi faire, car c'est un mal entendu et les services ne communiquent pas entre eux... Ils pensent que mon arrêt temps plein résulte de mes problèmes de dos, la grossesse n'est pas prise en comté alors que c'est la raison principale.
En attendant, ils ont fait un rappel des indemnités qu'ils ont versé à mes patronnes pour le mois d'octobre.
Est-ce qu'il y a un moyen que je touche les indemnités ??
J'espère avoir été assez claire, car la situation en elle même ne l'est pas vraiment
Merci beaucoup d'avance