Remboursement caution incomplet

Bonjour,

J'ai loué un appartement meublé pendant 3 mois cet été, je l'ai quitté puisque j'ai trouvé un autre emploi ailleurs.
J'ai reçu récemment le remboursement de la caution mais il est incomplet car ils ont retenu 60euros pour frais de nettoyage... Or lors de l'état des lieux, on m'a dit que l'appart était nickel (j'avais juste oublié de dégivrer le freezer et je l'ai fait pendant l'état des lieux). D'ailleurs, l'état des lieux de sortie a été fait sur une photocopie de l'état des lieux d'entrée, donc on distingue bien par la différence de couleur ce qui a été écrit à l'entrée de ce qui l'a été à la sortie. Et en l'occurrence, sur l'état des lieux de sortie il n'y a rien de plus que sur l'état des lieux d'entrée (qui, je précise était extrêmement chargé du fait de l'état lamentable de l'appartement... j'ai découvert plein de choses en emménageant comme un four jamais nettoyé, des rideaux jamais lavés avec des moutons de poussière, des couettes pleines de poils de chien...).

Bref, comme rien n'a été mentionné lors de l'état des lieux de sortie, je ne vois pas pourquoi on devrait me retenir quelque chose.
Ensuite, la régularisation des charges n'a pas été faite (chauffage et eau collectifs). Les compteurs étant dans une boulangerie et les commerçants étant peu enclins à ouvrir à l'agent immobilier régulièrement, le relevé n'a pas été fait lors de l'état des lieux de sortie. J'ai ainsi payé 70e chaque mois de charges, or étant au mois d'été et ayant eu bcp de déplacements professionnels, je n'ai pas consommé bcp d'eau ou de chauffage... Problème : comment savoir maintenant ce que javais consommé si le relevé n'a jamais été fait ?
Pour finir, la caution aurait dû m'étre remboursée sous un mois (mon bail rentre dans le cadre de la loi alur). Or je l'ai reçue - incomplète - avec 2mois et demi de retard. Quel est le montant des pénalités ? A ce jour, cela fait 3 mois que j'ai quitté l'appartement. Dois-je compter le loyer * pénalités pour 3mois de retard, ou bien comme j'ai reçu une partie de la caution : loyer -60e * pénalités pour 2mois et demi de retard + 60e*pénalité pour 3mois de retard ?

Pour l'instant je leur avais fait un mail en demandant leur chèque de complément sous 7jours. Je n'ai rien reçu. Je suppose que je dois à présent faire une lettre recommandée avec AR avec mise en demeure ? Si après cette lettre je n'ai toujours pas été remboursée, que faire ?

Merci de votre aide, car ils me mettent dans une situation financière compliquée.