Grands déplacement

bonjour, je travaille pour une entreprise de TP, en grands déplacements, de ce fait je perçois une indemnité kilométrique puisque j'utilise mon véhicule pour me rendre sur les chantiers. Quel est la méthode légale de calcul des distances de mon domicile au chantier? Mon employeur utilise une méthode qui me pénalise, puisqu'il calcule de préfecture a préfecture, je réside a plus de 100 km après la préfecture en direction de l'ITALIE et de ce fait le trajet domicile préfecture n'est jamais comptabilisé.
merci