Rupture conventionelle cdi et arret maladie

Bonjour,
Je suis actuellement en arret maladie depuis le début de fevrier et je pénalise mon patron (restauration ).
Mon 3 arret se termine le 10 Avril, mais je sais que je ne pourrais pas reprendre, car j'ai un blocage du ménisque et l'opération n'est possible que le 15 mai avec 5 semaines d'arrets a la clef dans le meilleur des cas !
J'ai proposé une rupture conventionnelle a mon patron, qui a dit oui, mais si je dépose le dossier a partir du 11 /04/ le lendemain de la fin de mon arret,est ce que ce n'est pas suspect ?
jE NE POURRAI PAS ME RENDRE A AUCUN ENTRETIEN!étant rentré dans ma famille a 300 km pour les soins.Est ce que ça pose un problème ?
D'autre part, je n'avais été que depuis 6 mois dans cette entreprise, et mon patron me dis que ça va lui couter 500 € et qu'il souhaite partager les frais?
mERCI POUR VOTRE AIDE.