Auto entrepreneur en versement libératoire -> Taux effectif?

Bonjour,

Après avoir passé la matinée à essayer de comprendre pourquoi je paye plus d'impôts que ce que je pensais payer, je pense avoir à peu près compris le fonctionnement de la chose.

Ma question est la suivante : sur la plupart des sites auto-entrepreneur il est écrit que le versement libératoire permet de s'affranchir du paiement des impôts.
Pourtant, une fois le moment de la déclaration venu, on se rend compte que le mode du taux effectif est utilisé pour calculer les montants à payer.

Si ce ne sont pas des impôts, à quoi correspond la différence payée au final?

Merci d'avance!