SCI et permis de construire

Bonjour,
A l'époque soit 2007 Nous avons créé un SCI afin d'acheter un terrain et nous avions déposé une demande de permis de construire qui nous a été acceptée. Ensuite nous voulions transférer notre PC dans la SCI, elle nous a été refusée, notre autorisation de construire n'étant pas avalisée par un architecte, ce que nous nous sommes empressés de corriger. Ré-demande de transfert, à nouveau refusé; nouvelle réglementation d'urbanisme et notre construction, valable avec l'ancienne réglementation, ne l'est plus avec la nouvelle! Avec le constructeur nous avons depuis terminé la construction en notre nom avec la première autorisation de construire acceptée et fait la Déclaration de fin des travaux, tout en laissant en suspend l'aménagement des combles en 2008. Toutes les factures étant libellées au nom de la SCI. Aujourd'hui nous habitons au réz et nous sommes en phase de terminer un deuxième appartement indépendant dans les combles et nous devons remplir une déclaration de fin de travaux, à l'époque soit en 2008 une déclaration d’achèvement de fin de travaux avait été déposée pour le rez laissant libre les combles. Le centre des impôts nous demande de remplir la totalité soit le rez plus les combles. Il y a plusieurs questions: La première, sommes-nous en défaut par rapport à notre permis de construire et notre SCI, nous payons les Taxes Foncières et d'Habitation qui sont libellées au nom de la SCI ? La deuxième concerne le nouveau questionnaire d’achèvement des travaux, ne peut-il être qu'une extension de l'ancien formulaire que nous avions déjà rempli ?
Merci pour votre aide