Fin de garde alternée au cours d'un congés maternité

Bonjour,
Mon épouse est actuellement en congés maternité, pour notre deuxième enfant, ayant un enfant d'une précédente union en garde alternée, elle a le droit à un congés maternité pour trois enfant.
Ce congés a débuté en décembre, et se termine le 26 juin.
Actuellement mon fils préfère vivre chez sa mère. Nous nous apprêtons à officialiser ce changement de mode de garde. Cela va t il mettre un terme au congés maternité, ou ayant débuté au moment de la garde alternée, peut il courir jusqu'à la fin?
Est il préférable d'attendre le mois de juillet?