Etre auto-entrepreneur et stagiaire rémunéré dans la même entrep

Bonjour, je souhaite savoir s'il est possible, en étant étudiant et auto-entrepreneur en même temps, de faire un stage rémunéré dans une entreprise publique telle une communauté d'agglomérations et de poursuivre son activité d'auto-entrepreneur dans cette même entreprise ? C'est-à-dire de percevoir les indemnités de stage et celle de l'autoentreprenariat ? (en tenant compte du fait que l'entreprise est d'accord).
Je suis censé être sur un contrat d'apprentissage dans cette entreprise comme elle est publique mais mon école ne fait que des contrats de professionnalisation. Du coup, je passe sous le statut de stagiaire mais pour avoir le complément de revenus que je devrais toucher en étant apprenti, l'autoentreprenariat se dévoile comme étant la solution. Peut-on donc allier ces deux activités sous la même entreprise ? (je ne suis pas salarié mais bien stagiaire dans cette entreprise)