Congés payer

Bonjour a tous. Désolé par avance de ce long pavé
Voilà le soucis, mon conjoint qui est apprentissage voie son contrat se terminer le 26 aout 2016. Jusque la tous va bien.
Son patron lui a donc dit qu'il poser ses 5 semaines de congés avant la fin de ce contrat donc fin de cette semaine sois le 22 juillet 2016. Jusque la encore tous va bien. C'est là que ça va ce compliquer.
Quand il est arriver dans l'entreprise sont patron lui a dit ''sois je te déclare a la caisse des congés payer mais du coup tu ne sera pas payer quand l'entreprise fermera, ou alors je te paye tes congés pour pas que tu te retrouve dans l'embaras'' (loyer, assurances, et tous ).
Bref au cours de l'année 2016, mon conjoint a du être arrêter de février a début mai pour son genoux (les ligament) arriver hors entreprises (je précise). Et donc ce matin son cher patron lui dit quand étant en arrêt il n'a pas cotiser ses 2j et demi et donc voire avec la secrétaire comment ça fonctionne par ce qu'il ne le payera pas.

Ma question est-ce qu'il droit de faire comme ceci?? Et comment ça peux ce passer.

Sachant en plus que mon conjoint en a parler également a un de ses collègues et que le patron a fais la même chose

En remerciant par avance