Alternant non déclaré à l'URSSAF

Bonjour à tous,

Je suis en seconde année de BTS en alternance (contrat d'apprentissage).
L'entreprise pour laquelle je travaille possède six bureaux dans six villes, la direction se trouve à Paris.
Notre nouveau comptable (qui est là depuis 6 mois) m'a récemment dit que je n'avais pas été déclaré à l'URSSAF. Il a bien entendu aussitôt corrigé cela.
Cependant, j'ai passé plus d'un an non déclaré comme apprenti et mes nouvelles feuilles de paye n'indiquent pas le même taux que les anciennes.

Ma question : mes anciennes feuilles de paye sont-elles fausses ?
Je déclare chaque mois ma situation à Pôle Emploi qui me verse un complément de revenu -car j'ai encore des droits au chômage) en se basant sur le taux brut de ma fiche de paye. Or celui-ci a changé et je m'inquiète de la qualité de mes anciennes feuilles de paye...

Merci d'avance !
Cdt.