Arrêt maladie en interim

Bonjour à tous.

Je viens sur le forum suite à un soucis.
Je suis actuellement inscrit au pôle emploi depuis le 17 janvier 2015.
Et actuellement je suis en mission intérim depuis le 21 septembre 2015 et arrêt de travail à compter du 3 janvier 2016.
Mon dernier jour travaillé c'est le 23 décembre 2015 car fermeture de mon entreprise du 24 décembre au 3 janvier inclus.
Avec prolongation de mon contrat intérimaire à compter du 4 janvier 2016.

Cependant j'ai était en arrêt maladie à compter du 3 janvier jusqu'au 31 janvier inclus.
J'ai repris le travail aujourd'hui le 1er février 2016.

A partir de quoi mes indemnités maladie doivent elles être calculées?
Mes salaires précédent mon inscription à pôle emploi? ( sachant qu'il me reste 500 jours de droit au chômage )

Pour information la cpam ma demande mes salaires de octobre novembre décembre. Et maintenant il me demande mes salaire de juin et de juillet ( car j'avais travaille un peu aussi.
Pour la période du 6 janvier au 17 janvier soit 12 jours indemnisés ,j'ai touché 98,40 brut (8,2 euros journalier)
Et la période du 18 janvier au 21 janvier soit 4 jours indemnisés , j'ai touché 56,16 brut (14,04 par jour )
Pour la période restante je n'ai rien touche pour le moment.

Je pense qu'il y a comme un petit problème.
Au chômage je suis aux alentours des 1200 e net et le cumul de mes trois derniers bulletins de salaire 5700,57 euros brut.

Quelqu'un a t il une solution ?

Merci d'avance.