Suspension de contrat de travail

Bonjour,
Je suis présentement en mi-temps therapeutique et mon contrat de travail à été suspendu depuis le 13 avril pour défaut de carte professionnelle. Je rappel que ma carte professionnelle a expiré le 28 des décembre 2014 pendant mon arrêt maladie temps complet ( 23 juillet au 28 février suite à une ostéotomie)et je n'y ai pas fait attention.j'ai donc repris le travail à temps partiel le 1er mars 2015. Le 13 avril, l'employeur m'a envoie une lettre recommandée pour absence de carte professionnelle. Du coup les indemnités de mars ont été seulement payées par l'assurance maladie puisque n'ayant pas travaillé les autres mois.
Que dois-je faire?
NB: avant mon opération, j'ai effectué mon renouvellement de carte pro auprès de la préfecture de mon secteur en recommandé alors qu'il fallait le faire auprès du cnaps. Information que je n'ai pas eu à temps. Résultat, la préfecture à transféré mon dossier le 15 janvier 2015 au cnaps.