Litige comptable

Bonjour,
J'ai débuté mon activité en septembre 2011. J'ai signé une lettre de mission avec un comptable qui stipule que "la durée de la mission est d'un an" (pas d'autre précision type une année comptable ou une année civile) . Pour cette mission annuelle je paie 1000 HT. J'arrête mon activité cet été soit deux an après. J'ai déjà réglé 2000HT. Je pensait donc être à jour de mes deux ans.
Or le comptable veux me faire payer 1000 euros de plus car d'après lui "la première année était en fait une année comptable et donc valable que de septembre à décembre 2011" (ma clôture se fait effectivement en décembre, sur les conseilles de mon comptable...).

Qui a raison? La lettre de mission ne précisant pas qu'il s'agit d'une année comptable puis-je contester et refuser de payer les derniers 1000 euros ?