Arrêt maladie et inaptitude

Bonjour,
Je suis en grande détresse, je suis employée dans une petite structure depuis 13 ans, en juin dernier, il m'a été annoncé une fusion entre 2 structures concurrentes, depuis cette annonce, mon employeur a changé totalement de comportement envers moi... je passe les détails qui sont encore trop frais, en résumé j'ai subi un harcèlement moral quotidien... Dégradant mon moral et mon physique (j'ai perdu 5 kg en quelques semaines et je ne suis pas très épaisse). Suite à une nouvelle altercation avec celui-ci; j'ai sollicité le médecin de la médecine du travail qui a constaté ma dégradation et mon état dépressif. Il m'a conseillé de me mettre en arrêt de travail et de suivre un traitement. Mon généraliste m'a prescrit l'arrêt et un traitement pour ma dépression réactionnelle. Actuellement je suis toujours en arrêt maladie jusqu'au 12 mars 2012, le médecin de la médecine du travail souhaite me voir le 29 février afin d'effectuer ma 1ère visite d'inaptitude puis 15 j plus tard la 2ème visite.
Ma question est la suivante: Puis-je être en arrêt de travail et être déclarée inapte ou dois-je être en activité, car il m'est impossible de retourner sur mon lieu de travail....
De plus, comment faire car il n'a pas envoyé mon relevé de salaire à la CPAM, donc je n'aurais pas de versement de mes indemnités journalières depuis le 09 janvier 2012
Vous remerciant par avance
Cordialement