Construction non conforme auP.C.

Bonjour, Le Maître d'oeuvre de notre construction en bois (qui est en même temps le gérant de l'entreprise de fourniture de bois et de construction) estime la construction terminée "puisqu'habitable" alors qu'elle n'est pas conforme au permis de construire.(manque la paroi dissimulant la maison au voisin, et position érronée des vélux pour la pièce d'étage).

Comment dans ces conditions signer une déclaration de parfait achèvement? Et quelles conséquences si nous emménageons quand même?