Avis d échéance et quittance

Bonjour,

Voici ma situation.
Depuis le 23 août 2019, je suis locataire auprès d'un bailleur social.
Mon loyer est de 550 euros, je dois le payer à terme échu.
L avis d échéance est envoyé le 25 de chaque mois.
Je perçois 351 euros D APL par mois,qui est directement versé au bailleur en début de chaque mois.

Mon problème est le suivant.

Le bailleur a prélevé l'intégralité du loyer de SEPTEMBRE soit 550 euros (le 5 octobre). ET ils ont bénéficié de mes aides au logement d'un montant de 351 euros correspondant au mois de SEPTEMBRE (qui ont été versé, preuve à l'appui le 4 octobre su leur compte).
Pour septembre mon loyer aura donc coûté 901 euros en septembre !
Ils m'ont dit qu'ils sont en décalage avec la caf. Je ne comprends pas. C'est par rapport à leur avis d échéance et m'ont dit que les 351 euros de trop perçu sera rembourser quand je partirai du logement.
De plus, sur l'avis d échéance, il ya marqué que cela vaut quittance de loyer.
Ils ne compte pas me rembourser.

J'ai révoqué le mandat de prélèvement, car ils avaient l'intention encore de me prelever le loyer intégralement.

Quelqu'un pourrait m éclairer svp ?? Sur mon compte CAF, il y a bien marqué que les 351 euros correspondent au montant de septembre. Ont il le droit de le garder, comme une caution ? Sachant que j'ai déjà versé une caution ?

Merci