Trop perçu indemnités journalières

Bonjour, je vous explique ma situation...
Je suis enceinte de 8 mois et en arrêt maladie depuis le 31 décembre 2017 a cause d’hypertension.
Quand j’ai reçu ma première attestation de salaire il apparaissait deux numéros de siret avec du coup deux paiement (différents l’un de l’autre ).
On m’avait dit que je toucherai environ la moitié de mon salaire j’ai donc été surprise et j’ai desuite appeler le 3646 pour demander pourquoi deux numéro de siret et pourquoi une telle somme.
On m’a repondut que mon employeur devait avoir deux numéros de siret, la dame à vérifié mon dossier et m’a confirmé que tout était normal.
Pour le salaire élevé elle ma dit qu’il était égal à l’an moitié du salaire brut donc un peu plus que ce que je pensais.
J’en ai donc conclut que tout était ok.
Depuis je suis payée tout les mois avec ces deux numéros de siret.
Aujourd’hui je ne suis plus payée depuis le 26 mars à cause d’attestation de salaire en maternité qui était erronée (c’est un autre sujet) et maintenant que j’ai enfin réglé ce problème d’attestation la CPAM me dit que j’ai un trop perçu car deux numéro de siret différents sur mon attestation de salaire.

Ma question est :
quel recours puis je avoir ? Sachant que j’ai fait le nécessaire en téléphonant dès le premier mois et en ayant été visiblement mal renseignée ?

Pourquoi est ce que la CPAM attend le mois de mai pour s’apercevoir de cet erreur ?

Merci d’avoir pris le temps de me lire.
J’espère que vous pourrez m’aider.