Indemnités journalières en plus de la subrogation

Bonjour,
Actuellement en congé maternité, mon entreprise pratique la subrogation. Toutefois, elle a mal rempli le document destiné à la Sécu qui me verse donc des indemnités journalières en plus de mon salaire. La situation devrait rentrer dans l’ordre d’ici quelques jours et le conseiller CPAM me dit de voir avec mon employeur pour lui faire un chèque du montant de ces IJ trop perçues.
Je m interroge tout de même : au niveau des impôts, ces IJ que je dois « rendre » à mon employeur vont-ils apparaître sur ma feuille de déclaration d’impôt sur le revenu en plus de mes salaires subrogés ?