3 jours d'arrêt maladie déduit des congés payés

Bonjour,
Durant le mois d'août j'ai été seul à mon poste à faire le travail de 3 personnes , je suis tombé malade à la fin du mois ( le 29,30 et 31) . Avec visite chez le médecin généraliste et arrêt maladie de 3 jours . Cet arrêt m'a été déduit sur la paye du mois de septembre 2016 en tant que congés payés . De ce fait mes droits aux jours de congés sont négatifs alors qu'il devrait me rester 1 jour et demi . J'ai signalé l'erreur et visiblement ils vont me redonner 3 jours de congés en plus de mes 2,04 jours sur le mois prochain , c'est à dire en novembre . Je suis en CDI pour 39h par semaine et je voudrais qu'il refasse intégralement la fiche de paie , celle de août et de septembre afin qu'il n'y ai plus d'erreur car à mon avis les 3 jours vont m'être crédités sans qu'il soit fait mention d'un arrêt maladie sur la fiche de paie . On me réponds que les fiches de paie déjà éditées on été validées , qu'il n'est pas possible de les refaire . Que puis-je faire ? Pourquoi , au lieu de me donner une prime ou une augmentation pour avoir été seul au poste pendant 3 semaines , me retire t-on 3 jours de congés ? Et enfin , quel sont les différences administratives entre 3 jours de congés et 3 jours d'arrêt maladie ? Ceci est la goute d'eau qui risque de me faire repartir à zéro . (j'envisage aussi une démission expéditive ) .