Arrêt maladie + Fin de contrat qui devait être reconduit en CDI

Bonjour,
Mon contrat de travail se finissant le 30 septembre 2016, je ne me suis pas présentée au travail le samedi 1er octobre 2016 car j'ai pris rendez vous chez le médecin qui m'a mis 8 jours d arrêts maladie soit jusqu'au 8 octobre inclus. Le problème c'est que mon cdd devait être réconduit en CDI a partir de ce jour .Hors ce jour comme un accord avec l employeur nous avons décidé de ne pas reconduire le contrat. Mon salaire ayant déjà été versée avant l'accord de ceci, mon employeur me propose un avenant à mon cdd jusqu'au 8 octobre. Je ne comprends pas pourquoi car mon solde tout compte et mes congés payés nont pas encore été règles.
Merci d avance.