Indemnites

Bonjour,
Je suis en arrêt depuis le 7 décembre 2015. Jusqu'au 6 juin 2016 (soit 6 mois d’arrêt) j'étais intégralement payé par mon employeur et la sécurité sociale faisait le virement des indemnités à mon employeur. Au bout de ces six mois je reçois un courrier de la sécurité sociale me demandant mes fiches de paie de 2015 et un protocole de mon médecin traitant pour dorénavant m'indemniser. En effet, à compter du 6 juin l'employeur ne me verse plus la totalité de ma paie.
Etant donné que j'ai repris le travail en mi-temps thérapeutique le 20 juin mon médecin m'a dit qu'il y avait pas besoin de protocole et m'a fait un arrêt en précisant mi-temps thérapeutique.
Première question : est ce que dorénavant mon employeur va me payer une partie de mon salaire ou alors c'est la sécurité sociale qui m'indemnise totalement ?
Deuxième question : Mon médecin a t'elle eu raison de ne pas faire de protocole ?
En effet cela fait un total d’arrêt de 6 mois et 13 jours et ensuite on à démarrer le mi-temps thérapeutique.
Merci d'avance pour vos réponses car c'est pas clair du tout pour moi.
Bien cordialement