Regularisation indemnites journalieres

Bonjour, pour faire court, ma maladie professionnelle a été accepté, suite à cela une regularisation de mes indemnites journalieres a été versé à mon ancien employeur et ce depuis deux mois. Je l'ai appris via la Cpam, quand je lui ai réclamé, il m'a dit qu'il ne me rendrait qu'une partie de cette somme, car il fallait qu'il se rembourse du maintien de salaire. En a t'il le droit? Merci d'avance pour vos réponses, je suis un peu perdue!