Question sur l'indivision pour achat d'appart pour pacsés

Bonjour, mon compagnon et moi sommes pacsés depuis octobre depuis 2006 et nous sommes sur le point d'acheter un appartement.
Jusqu'à aujourd'hui, c'est monsieur qui payait le loyer et souhaite payer la totalité du crédit par commodité mais chez le notaire, nous ferions l'indivision.
Ma question est : si un jour, nous venions à nous séparer, du fait qu'il ait payé le crédit en totalité, peut-il le faire reconnaître et que du coup l'indivision ne serait plus valable ?
Je vous remercie d'avance pour vos réponses.