Permis de construire refusé car manque de document

Bonjour,

Nous avons pour projet de faire construire notre maison par un constructeur avec qui nous avons signé un contrat le 15 février.

J'ai déposé le permis de construire en mains propres le 16 mars 2016.

Le 12 mai 2016, nous avons reçu en RAR le courrier de la mairie notifiant un refus de permis de construire. La raison est un manque de documents : précisément une étude géotechnique du sol et les solutions techniques pour remédier aux aléas miniers (le terrain se situe en territoire anciennement minier, agglomération de St Etienne), afin de respecter les Plans de Prévention des Risques Miniers (PPRM). C'est la DDT qui a émis un avis défavorable vus les aléas (faibles mais existants) de tassements de terrain, mais elle précise que cet avis peut être levé en effectuant une étude de sol géotechnique et en proposant des solutions.
Cette étude de sol a été réalisée fin 2015 conformément à la demande de la mairie et des solutions techniques possibles ont été proposées par le constructeur (forages profonds pour fondations). Seulement voilà, ces pièces n'ont pas été jointes au permis rédigé par le constructeur (ce ne sont pas des pièces obligatoires).

Doit on déposer un recours? Re déposer le permis avec toutes les pièces nécessaires?
Pourquoi la mairie ne nous a tout simplement pas demandé ces pièces complémentaires avant de refuser en bloc le permis?

Merci beaucoup!