Titre de sejour etudiant etranger

Bonjour,
J'expose mon problème ici en espérant trouver une réponse. Toutes les suggestions sont les bienvenues et merci d'avance.

Je suis étudiant étranger titulaire d'un master 2 en statistiques obtenu l'année dernière. Et cette année je me suis inscris en M2 en Ingénierie statistique et numérique. Mon problème est aujourd’hui je suis sans titre de séjour car d’après la préfecture je l'ai pas renouvelé a temps. J'ai pas pu le faire a temps parce que mon dossier était irecevable comme j'avais pas de passeport. Le temps de renouveler mon passeport mon titre de séjour a expiré depuis 3 mois et don la préfecture de Lille m'a notifié son refus de l'accepter et me demande de retourner chez moi en Afrique pour effectuer un nouvel dépôt de visa alors que j'ai des examens a passer et un stage de 6 mois que je devais effectuer ce début mars. Donc si vous avez des informations a me donner pour les procédures que je pourrais suivre et tout n’hésitez pas.