Alda non exonérante et IJ

Bonjour,
Je rencontre un gros problème avec la sécurité sociale :
J'ai été opérée en mars 2012 d'une tumeur de la moelle épinière qui m'a rendue incapable d'exercer mon métier (infirmière vétérinaire) a temps plein. Je suis donc passer en mi temps thérapeutique de mai 2012 à juillet 2014. Une demande d'ald non exonérante a donc été faite et acceptée.
J'ai repris à temps plein 5 mois, puis sur les conseils du médecin conseil, j'ai de nouveau été en mi-temps thérapeutique (une demande d'invalidité de la part de mon médecin traitant avait été faite, mais le médecin conseil a préféré que je reprenne un mi-temps thérapeutique, car beaucoup moins de conséquences dans ma vie professionnelle). Une nouvelle demande d'Ald non exonérante à été faite et encore une fois acceptée. De novembre 2014 à septembre 2015, j'ai donc de nouveau été en mi-temps thérapeutique. Le médecin conseil m'avait estimée apte à reprendre un temps plein au 1er octobre 2015, mais c'était sans compter un état de grossesse...
Le 1er octobre, mon médecin traitant a préféré m'arrêter complètement, car mes problèmes de dos, associés à une sciatique de grossesse, des contractions et un déplacement de bassins (j'en étais à 3 mois 1/2) étaient assez risqués compte tenu de mon métier (et pour la santé du bébé).
En résumé : mon mi-temps thérapeutique prenait fin le 30 septembre 2015 et mon arrêt de travail débutait le 1er octobre 2015.
La secu a commencé à me verser des indemnités journalières et du jour au lendemain a arrêté.
Quand j'appelais le 3646, ils n'étaient pas capables de me dire ce qui clochait dans mon dossier. J'ai fini par me déplacer, et la dame très gentille m'a expliqué qui était question du calcul des 360 IJ sur 3 ans...
Étant en Ald non exonérante, la prise en charge de mes indemnités journalières ne devrait pas poser de problème ????
Peuvent-ils refuser de me payer les IJ à compter du 1er octobre si j'ai déjà dépassé les 360 IJ en 3 ans alors que j'étais en Ald ?????
Merci d'avance de votre réponse.
Le bébé arrive dans 10 jours et je n'ai pas perçu d'indemnités (même pas mon congés pathologique bien mon congés maternité) depuis début décembre...