Demande d'information sur une procédure

Bonjour à toutes, je me décide à vous poser ma question après plusieurs recherches infructueuse.
En effet mon cas et un peu particulier et relève des spécialistes de rémunération des commerciaux.
Je m'explique,

Embauché depuis Juillet 2014 dans une société d'imprégnation des bois en tant qu'attaché technico-commercial tout se passe à merveilles jusqu'a ce que je constate un premier problème.
En effet pour ma paye du mois d'avril je touche une paye négative de 259€...

En effet notre contrat stipule que nous touchons une rémunération fixe de base égale au SMIC, à cela s'additionne commissions de 12% sur la CA réalisé au dela de 15000€, plus diverses primes.

Il est stipulé que notre rémunération mensuelle ne pourra être inférieur à la rémunération brute stipulé sur notre contrat de travail (1517€ pour ma part).

En effet après un mois d'avril catastrophique pour ma part (premier mois en deça de mes objectifs), et après l'annulation d'une commande importante ayant été commissioné je suis donc redevable de la commission qui m'a été versé comme trop perçu.
La le problème commence à se former. En effet mon employeur à qui je demande un acompte de 800€ (les payes tombent le 11-12 du mois, les loyers partent le 1er et ma compagne étant en recherche d'emploi à ce moment la nous étions dans une situation financière précaire), me déduit ladite commission dont je lui suis redevable sur le restant de mon salaire. Ce fameux mois étant limite niveau vente (14k€) je ne touche donc ni commissions, ni primes. Par contre mon employeur déduit quand même la commission sur mon salaire fixe! me faisant une paye négative.
A T-IL LE DROIT DE FAIRE CELA? En effet comme cité précédemment dans le contrat il est noté que je ne peux percevoir une rémunération inférieure à ma rémunération fixe brute...

Suite à cela je décide donc de m'atteler à la recherche d'un nouvel emploi et début mai après avoir obtenu une promesse d'embauche j'informe mon employeur que je souhaite démissioner au 29 mai 2015. Nous nous mettons d'accord pour réduire le préavis et échangeons nos écrits respectifs. Je termine donc mon mois en travaillant et en ramenant des chantiers de façon à prendre un dernier bon salaire avant de partir.

C'est la que tout se gâte, dix jours plus tard il m'appel pour que je vienne récupérer le solde de tout compte et la à ma grande stupeur comme par hasard il n'est pas présent au bureau et je constate que mon SDTC est de -200€!!
Il m'était redevable de 1517€ brut ainsi que de 2999€ d'ICCP et de 757€ de commission, le tout repris sous prétexte de décomissions car il invoque une erreur de métrage sur un chantier qui ne m'as jamais été notifié par écrit, et jamais constaté par écrit vis-à-vis du client (reprise de la commission entière du chantier, donc 1700€ de commissions et primes sur objectifs alors que le chantier à été posé et encaissé!), que deux chantiers n'ont pas encore été posé (je suis payé à la signature de plus les chantiers ont été posé lors de l'établissement de mon SDTC).

Je décide de rester calme, je repasse le voir et lui demande des comptes, la il m'explique qu'il à le droit que c'est tout à fait normal.

Le lendemain je signale à l'inspection du travail ces pratiques et ceux-ci m'expliquent de saisir le tribunal des prud'hommes.
Je décide donc d'aller consulter un avocat qui me renvoi chez un de ses collègue spécialisé dans les commerciaux devant la complexité du contrat et des payes.

Mon avocat me dit que la solution première et de partir en référé au mois pour le paiement du moi d'avril, de mai et de l'ICCP, la suite on s'en occupera après lors d'une procédure classique.

Ma question et donc la, mon ex-employeur à t-il le droit de saisir les ICCP, et les salaires comme il le fait? Trouvez vous cela normal qu'en tant que commercial que du fait de l'annulation d'une commande nous pouvons nous retrouvez avec un salaire inférieure à notre fixe lors de la reprise de ladite commission, et qui sera favorisé lors du référé à votre avis?

Petit rajout, sur mes fiches de payes il est bien noté ligne "commissions" et non "avances de commissions", le contrat parle bien de commissions également.