Numérotation de facture et annulation de facture

Bonjour,

J'ai commencé une activité d'auto-entrepreneur il y a 1,5 ans. Au tout début je n'étais pas très au fait des règles de facturation.
J'ai émis une facture pour un client 1 (facture numérotée 3) qui s'est trouvée être incomplète (périmètre de la prestation plus large). Comme ce périmètre plus large impliquait également une autre entreprise 2, j'ai émis une nouvelle facture à cette autre entreprise 2 (Siret différent). Tout ceci en accord avec les dirigeants de chaque entreprise. J'ai numéroté cette nouvelle facture comme la facture n°3, facture n°3, en pensant que cela écrasait / annulait la précédente facture.

Aujourd'hui le comptable de la société 1 me demande une facture d'avoir pour annulé la facture n°3. Après m'être renseigné je me rends compte qu'il faut faire une nouvelle facture pour traduire l'annulation de la première facture n°3.

Ce qui m'inquiète aujourd'hui c'est que mes factures vont être avec une numérotation bancale : 1, 2, 3, 3, 4, 5, 6, 7, 8 (annulation de la première facture 3).

Qu'est ce que je risque à avoir cette numérotation avec un doublon de facture n°3 ?
Comment corriger cela ?

Bien cordialement