Calcul des heures supplementaires majorées

Bonjour à tous,

J'étais en contrat de professionnalisation de Septembre 2012 à Juillet 2014 lors de mon BTS Hotellerie Restauration.
J'ai donc travaillé dans un restaurant en CDD, avec un contrat de 39H, parallèlement à l'école.
J'ai cumulé beaucoup d'heures supplémentaires durant mon contrat.
Lors de mon RDV pour le solde de tout compte, mon patron m'a réglé mes heures supplementaires (enfin, juste une partie), seulement elles sont au taux de 10%. Il n'a pas appliqué les taux de 20% et 50% de majoration, au delà des 39H.

Déjà, a-t-il le droit d'imposer les taux qu'il veut?

Ensuite, mon plus gros problème est le calcul de ces heures majorées, c'est un vrai casse-tête.
Cela fait plusieurs mois que je suis dessus. J'ai appelé plusieurs fois l'inspection du travail, pour qu'elle m'éclaire sur le calcul a effectuer. Mais je connais toujours des problèmes puisque le calcul s'effectue sur la semaine, et que mes semaines ne sont pas régulières (sachant que parfois au début de l'année, je n'avais même pas de week end de repos)
Pour ce qui est des heures suplémentaires mensuelles, j'ai simplement déduit mon total d'heures travaillées chaque mois aux 169h payées, mais je ne sais pas si c'est correct. Et en tout cas, je ne peux me servir de cette base pour calculer les majorations puisque mes calculs sont sur un mois et non sur une semaine.

Si quelqu'un peut m'expliquer comment calculer ces majorations, je lui en serais très reconnaissant.

Cordialement.