Inaptitude partielle au travail

Bonjour à tous,
Je me présente, je suis fraiseur sur commande numérique en poste 2x8. Je suis en CDI depuis le 11 décembre 2012 et mon ancienneté est en date du 11 décembre 2011 (2 CDD de 6 mois avant)
Actuellement, je suis en inaptitude au travail suite à une visite de reprise depuis le 1 avril 2014. (médecin du travail)
J'ai des soucis sur un talon d'Achille depuis mi-janvier et le 31 mars dernier, j'ai voulu faire un essai pour reprendre mon travail. Donc la journée se passe et en fin de journée la douleur reprenait. Le lendemain, je décide quand même de retourner au travail malgré des douleurs présentes, et en milieu de journée, je passe la visite de reprise à la médecine du travail. Après la consultation du médecin du travail et ayant lu le compte rendu du spécialiste qui me suit, il décide de me déclarer inapte temporairement. De retour à l'entreprise, j'en informe mon employeur qui me dit qu'il ne peut me garder dans l'entreprise suite à l'avis du médecin du travail et me dit de rentrer chez moi.
Donc en rentrant, je reprends rendez-vous auprès de mon spécialiste qui me prescrit un arrêt maladie initiale jusqu'au 30 mai 2014.
Ce mois-ci, mon salaire a encore dégringolé soit environ 60% de perçu. D'après la secrétaire de mon boulot c'est normal. Là on est le 07 mai 2014 et mon arrêt maladie va jusqu'au 30 mai 2014. Est-ce-que l'article 1226-4 du code du travail s'applique dans mon cas sachant que mon employeur ne s'est pas manifesté dans les 30 jours?
Est-ce-que je dois avoir une perte de salaire? Et surtout du faite que je repart sur un arrêt initial, est-ce-que j'aurais dû percevoir mon salaire en entier?
Pour info, ma convention collective est celle de la métallurgie.

Merci à vous tous si vous pouvez me répondre.