Déclarer inapte en CDD

Bonjour,
Je vais être déclarer inapte par la médecine du travail,et mon employeur ne veut pas me licencier pour inaptitude.Il veulent attendre la fin de mon CDD?Le problème c'est que pendant ce temps je serai rémunérer par personne?Et mon CDD et un remplacement pour un congés parental de 3ans!!Si qu'elle qu'un pouvais me renseigner parce-que la c'est panique à bord!! merci d'avance :)