Indemnités journalières

Bonjour,
J'étais en maladie professionnelle de mars 2010 à janvier 2011. La sécu versait mes ij à mon employeur qui m'a fait mes fiches de paie tous les mois, donc presque pas de perte de salaire pendant 6 mois et ensuite 50%.
Mais quand je soustraie les ij que m'a versé mon employeur et ceux que je déclare sur ma feuille d'impôt il y a 1200€ (un salaire net) d'écart. Quand j'ai posé la question à mon responsable il m'a répondu que c'était normal car l'employeur garde à son compte les week-end. Est-ce normal ? Je ne comprend pas pourquoi je devrai payer des impôts sur une somme que je n'ai jamais reçu. Merci de votre réponse.