Congés acquis non payés assistante maternelle

Bonjour,

Voilà le pétrin !
En Mars 2008 j'ai signé un contrat avec une nounou avec qui tout s'est bien déroulé en apparence ; elle a rédigé le contrat elle-même (ce qu'elle faisait depuis toujours avec les parents) car elle impose ses conditions avec lesquelles nous étions d'accord. De plus elle rédige les bulletins de salaire et ce avec tous les parents depuis le début. Totalement novice, je lui ai fait confiance d'autant que je ne comprenais pas trop les calculs de coefficient, d'année incomplète car nous travaillons en année incomplète. Je ne connaissais pas l'existence de la convention...
Elle s'est rendue compte 22 mois aprés qu'elle s'était trompée dans la formule de la mensualisation et du coup ses congés n'ont pas été payés depuis que l'on travaille avec elle (elle a opté pour la mensualisation mais au lieu de décompter 6 semaines de congés a décompté mes 11 semaines de congés). Le problème c'est que depuis 2 ans, nous avons déclaré des salaires au niveau de la paje comme incluant les congés payés (pas de saisie du nbre de jours de congés dans la case prévue à cet effet).
Nous avons été de bonne fois et sommes trés embêtés d'autant qu'elle dit que nous sommes en partie responsables. Comment doit-on régulariser cette situation d'autant qu'il s'agit d'une somme conséquente de plus de 1500 euros, y-a-t-il une procédure spécifique pour régulariser en bonne et due forme au niveau de la paje de façon à ce que ce soit pris en compte au niveau des impôts ? Par ailleurs dans ce cas de figure est-ce l'employeur qui est tenu pour seul responsable ou est-ce que les torts sont partagés ?
Merci d'avance de votre réponse. Cordialement.