Majoration clause penal abusive?

Bonjour,
il m'est arrivé quelques fois (depuis 6 ans que je loue mon appartement) de ne pas pouvoir régler mon loyer en totalité, et de régulariser le mois suivant.
l'agence immobilière m'envoyait par courrier simple une mise en demeure pour non payement de loyer.
sur ce courrier il apparaissait un montant pour majoration a titre de clause pénal, hors il n'apparait pas de somme sur le bail mais un pourcentage.
est ce légal de réclamer cette somme alors que le bail fait apparaitre un pourcentage du loyer? (ce qui, ce dit, ferait un chiffre plus important)
ce pourcentage a titre de clause pénal s'applique dans quel cas et a quel moment?

je vous merci pour vos réponses