Licenciement alors que maladie pro en cours

Bonjour,
j'ai été licencié début février pour inaptitude à tout poste dans mon entreprise. Mon employeur m'a versé mon solde de tout compte à cette date. Depuis mi janvier j'ai fait une demande de reconnaissance en maladie professionnelle. Si celle ci est reconnue, puis je contester la somme qui m'a été attribuée étant donné que celle ci n'a rien à voir avec celle qui me reviendrait en cas de maladie pro?
Par avance merci de votre réponse.