Congés payés dans le bâtiment

Bonjour,
Je suis jeune artisan du bâtiment et je suis confronté à des questions "pointus" des salariés. Je vous soumets celle qui me pose le plus de problème :
Les salariés font 39 h / semaine. Payées 35 puis majorées de 25 % pour les 4 h
Lors de la prise de congés, 1 semaine par exemple, le comptable déduit les 35 heures par semaine + 4 heures. Les congés étant payés par la caisse de congés payés donc sur la fiche de paie figure 35 h d'absence au taux de base + 4 heures au taux majorés.
Les salariés me disent que c'est faux et qu'on devrait déduire QUE les 35 h. Je suis perdu et je n'arrive pas à avoir d'explications claires de mon comptable, je recherche aussi sur internet le texte dans le code du travail qui traite de ce sujet.
Merci beaucoup