Indemnités de rupture conventionnelle et congés maladie

J'emploie une employée de maison depuis 5 ans mais ces 2 dernières années elle a été constamment en congés maladie renouvelés.
Nous procédons en parfait accord à une rupture de contrat conventionnelle. Dans les indemnités que je dois lui verser dois-je prendre en compte la période de 2 ans au cours de laquelle elle n'a absolument pas travaillé.
par avance merci pour votre réponse