Indémnités congés payés et démission

Bonjour,
actuellement pharmacien, je démissionne le 23 septembre 2012 (INCLU). J'ai passé ma thèse le 23 septembre 2011, après un an de fonction, j'aurais du être augmenté le 23 septembre 2012 (selon notre convention collective, et vu que je suis payé le minimum légal par rapport à mon diplôme et ma fonction).
J'aurais 28 jours de congés payés lors de la fin de mon contrat.
Comment va s'effectuer le calcul, en sachant que j'aurais changer de salaire le 23 septembre 2012.
Merci d'avance