Mon employeur me doit il mes jours de carence ?

Bonjour,

Je tiens à préciser dans un premier lieu que je suis d’Alsace-Moselle, je dépends donc du régime local. 
 

Pour vous expliquer ma situation, j’ai été en CDD pendant 3 mois dans une entreprise. Durant ma période de travail, j’ai eu 3 arrêts maladie. Un de quinze jours des suites d’une opération (qui m’a été payée à 100%) puis 2 autres de 3 jours chacuns. Si je me suis correctement renseignée, d’après le régime local un maintien de 100% du salaire est effectué (donc les 3 jours de carence « n’existent pas »). 
 

Cependant, après relecture de mes fiches de paye et avant tout renvoi de documents signés tels que le solde de tout compte, je me suis aperçue que ces 2x3 jours d’arrêt ne m’ont pas été rémunéré. J’ai contacté le service RH de mon entreprise qui me dit ne faire un maintien de salaire de 11j sur 12 mois consécutifs (et non à chaque arrêt) pour les personnes ayant moins d’un an d’ancienneté. 
J’ai perdue une petite somme d’argent, et ni eux ni la CPAM ne veulent me payer  

Sont-ils dans leur droit ?

J’espère avoir été claire dans mes explications. Merci d’avance pour vos réponses !