APL versée directement à l'agence immobilière

Bonjour,

Mon fils est étudiant et loue un appartement par une agence immobilière. Celle-ci reçoit l'APL par la CAF.
Cette allocation étant versée un mois plus tard, nous avons payé les 2 premiers mois intégralement.
C'est seulement au 3ème loyer que l'agence a déduit l'allocation.
Nous sommes donc aujourd'hui créditeur du montant d'une APL versée par la CAF pour l'agence immobilière qui ne réactualise pas les loyers.
A ma demande d'explication, cette dernière m'informe que le montant de cette allocation me sera rendu en fin de contrat de bail.
Ont-ils le droit de garder ce trop perçu en leur faveur sachant que mon fils est étudiant boursier ?
à la base, cette allocation est pour aider nos enfants et non les agences immobilières, non ?

Merci d'avance de votre aide