Indemnité d'occupation et crédit immobilier

Bonjour,

Je vous explique la situation à laquelle se rapporte ma question.
Je suis séparée (rupture de pacs) de mon ex compagnon, avec lequel nous avions acheté un appartement.
Apres la séparation, j'ai quitté l’appartement, et il est resté y habiter.
Apres m'être renseignée, j'ai vu qu'il devait me payer une indemnité d'occupation.
Nous nous sommes arrangés à l'amiable, comme suit.
Je ne paye plus ma moitié du crédit immobilier, ce qui sert d'équivalent à l'indemnité qu'il doit me payer.
Nous avions trouvé cette solution plus pratique, qui évite un échange d'argent mensuel en plus.
Le problème est que maintenant, je refais ma vie avec une autre personne, et nos relations se sont dégradées.
Sa mère gère son argent et commence à me faire des menaces en tout genre concernant l'argent, car c'est elle qui paye ses factures, et forcement, elle essaye d'en payer le moins possible.
Je me rends compte maintenant que lors de la vente prochaine de l’appartement, ils pourront dire que je n'ai pas payé ma part des mensualités du crédit.
Donc ma question est que puis-je faire pour officialiser ce que nous avons fait comme étant le paiement de son indemnité, et non pas juste mon non-paiement du crédit ?
Merci d'avance pour votre réponse.