Agios sur un compte, je ne comprends pas

Bonjour, et merci d'avance pour l'aide.
Voici la situation. J'ai un compte (que je qualifierais de secondaire) dans une banque. Ce compte me sert à recevoir des virements mensuels, à encaisser des chèques (car elle est proche de mon domicile) et quelque fois à contracter des crédits en lien avec une activité non-salariée.
Chaque 15 du mois je reçois un virement et le lendemain ou le surlendemain je fais un virement sur le compte principal. je fais pareil pour les chèques. je m'arrange à ce que ce compte ait un solde créditeur de 50 euros.

- en septembre je pratique donc cela après avoir reçu un virement et j'ai des agios, je contacte le conseillé qui me dit que mon compte s'est trouvé à découvert.
- en octobre, suite au dépôt d'un chèque j'ai de nouveau des agios.

je contacte le service client par mail pour expliquer la situation, que depuis des années je pratique de la même façon. j'obtiens cette explication:
"
En réponse à votre courriel du 11/10/2018,
Au 02/07 le compte présentait un solde positif de 22,19 €,
3 opérations se sont présentées
Reglement Assu. Cnp Pret Profession. 07/18 - 3,40 € ((opération daté du 2/10/18))
Virement WEB M. xxxxxx (LA) - yy,00 € ((opération réalisée 4/1/18))
Virement WEB M. xxxxxx (LA) - zz,00 € ((opération réalisée 4/1/18))
Amenant le compte à un solde débiteur de - (yy+zz) € en date de valeur du 04/07 jusqu'à la remise de chèque :
Rem Chq 2308646 de yy+zz,32 € enregistrée en date de valeur du 05/07.
Ce qui a généré les frais calculés sur une journée, de façon totalement automatisée et facturés une fois par trimestre.
J'espère avoir pu apporter la réponse à votre interrogation.
Je vous remercie de votre confiance
"
J'ai demandé dans un mail ultérieur les conditions de la banque. il est noté que la date de valeur est J+1 lors de virement ou remise de cheque. La remise de chèque 2308646 a été faite le 2/10/18 donc si je comprends bien J+1=3/10/18.


si quelque chose m'échappe pouvez vous m'expliquer, je conseillé de la banque s'en tient à ses explications exposées ci-dessus.

ce que je ne comprends pas est pourquoi ceci depuis peu alors que j'ai toujours eu une pratique qui n'a pas généré de frais d'agios. combien de personnes se retrouvent dans cette situation avec des sommes plus importantes.
merci pour l'aide.