Inaptitude après un congé individuel de formation

Bonjour,
Est-il possible d'être reconnu inapte au retour d'un CIF Cdi, mon employeur me dit que non et me propose soit le retour en poste ou que je démissionne ! Étant en invalidité depuis 2 ans, j'ai fais une formation dans le but d'une reconversion... mais aucun reclassement possible au sein de la structure ! je ne sais pas quoi faire, merci pour votre aide