Certificat de conformité délivré

Bonjour,
Je vais essayer d'être concis
1979 achat d'un terrain avec mon beau-frère dans l'idée de faire une maison permettant de loger 3 familles ( mes beaux parents, mon beau-frère et nous) donc 3 appartements
L'architecte nous conseille de présenter une demande de permis pour un logement car l'aménagement intérieur ne regarderait que nous
Nous divisons donc la partie à proprement parler habitable en deux F4 et aménageons le grand garage en F1 sans changer la shob et shon
Ceci entraîne des changements mineurs d'ouvertures et une modification de l'entrée puisque le garage était transformé en appartement
Les travaux sont terminés en 1982
En 1983 nous demandons la conformité que nous obtenons après visite en extérieur et intérieur par l'agent de la DDE
La taxe foncière établie à l'indivision à toujours été payée
La taxe d'habitation à toujours été payée à mon nom seul
Aujourd'hui j'ai racheté avec mes enfants sous forme de sci la part de mon beau-frère
Pour que la situation soit claire vis à vis de mes enfants je voudrais déclarer les 3 appartements au fisc et à la mairie mais aux vues de mes recherches j'ai peur de déclencher une catastrophe
Je peux prouver que la maison à été construite de cette manière et que nous n'avons rien caché à l'agent de la DDE, toutes les modifications étaient visibles et immanquables
Comment puis- je faire pour que cette situation puisse être régularisée ?
Merci d'avance de vos remarques et conseils